1. 国家自然科学基金: 天麻共生生体遗传多样性及其协同进化的分子遗传机理研究(30370145), 20万元, 2004.1 - 2006.12. 主持人.
2. 国家自然科学基金: 淫羊藿属药用植物特征活性成分变异的居群及数量遗传学基础研究(30570171), 28万元, 2006.1 - 2008.12. 主持人.
3. 中国科学院知识创新工程方向项目: 中华水韭适应性的数量遗传研究与迁地保护(或回归)遗传管理(KSCX2-YW-Z-050), 20万元, 2007.1 - 2009.12. 主持人.
4. 国家自然科学基金: 濒危水韭属植物适应性遗传变异与回归自然重建的遗传管理(30870259), 32万元, 2009.1 - 2011. 12, 主持人.
5. 国家自然科学基金项目:中华猕猴桃复合体及其近缘种的分子谱系地理学研究(31370251), 80万元,2014.1 – 2017.12. 主持人.